על פי הנחיות משרד הבריאות יש לדאוג לתחזוקה רצופה ותקינה של מערכות מילוי ואגירת מי השתייה בבניין באופן הבא:
המים המסופקים ממיכלי האגירה צריכים להיות בסחרור מתמיד עם מערכת מי השתייה של הבניין.
(תחלופת המים במיכל צריכה להיות לפחות פעם בשבוע.)
יש לוודא מניעת כניסת מזוהמים (בדרך מקרה או במזיד) למיכלי אגירה על ידי איטום ונעילת פתחי המיכל (דלת כניסה, אוורור, גלישה).
יש למנוע קינון ציפורים מעל המכסה של המיכל.
יש לבצע שטיפה וחיטוי תקופתיים (מומלץ לפחות פעם בשנה) למיכל המים.